Détection précoce du Crabe bleu en Occitanie : retour sur la seconde phase du projet

Ce barcode vise à détecter la présence de l’ADNe de crabe bleu, dans différents milieux côtiers (lagunes, graus). Actuellement ce projet est dans la phase de test de l’utilisation de l’ADNe pour détecter le Crabe bleu en conditions naturelles.

Ce projet apportera au Ministère de la Transition écologique (MTE) et à la DREAL, des éléments de réponse dans le cadre des directives Européennes et de ses politiques publiques de lutte contre les espèces non indigènes, ainsi que les moyens d’agir de manière concrète au niveau régional et local dans les milieux littoraux.

Ce projet s’inscrit dans le cadre du Plan d’action régional "crabe bleu" et permet de répondre aux objectifs de suivi, de gestion et de lutte contre le crabe grâce à un outil de détection innovant et opérationnel de l’espèce dans les milieux.

Élaboration du barcode à tester en conditions naturelles

Durant la seconde phase du projet en 2022, l’équipe scientifique a développé l’outil de détection précoce. Pour cela, des tests ont été réalisés avec un nouveau marqueur mitochondrial, développé par des chercheurs Danois à partir d’échantillons de tissus de Crabe bleu en mer du Nord.

Fin 2022, les tests montrent que ce marqueur permet de bien détecter le Crabe Bleu pour les échantillons d’ADN environnemental issus de la filtration d’eau d’aquariums du Biodiversarium de Banyuls (coll Pascal Romans). Les analyses bio-informatiques indiquent sa spécificité, et les analyses in vivo montrent que si ce marqueur amplifie bien de l’ADN de Crabe bleu, il n’amplifie pas l’ADN de 6 espèces d’invertébrés également présents dans les lagunes d’Occitanie et prélevés en 2022 par Mr Hourdez (Observatoire de Banyuls sur Mer) dans l’étang de Canet. La méthode est donc prête à être appliquée en conditions naturelles pour informer de la présence de crabe bleu et éventuellement de la densité d’individus présents dans le milieu.

Évaluation des conditions de détectabilité (concentration minimale) du Crabe bleu par l’ADNe en milieu contrôlé et en milieu naturel

Cette étape est réalisée d’abord en laboratoire grâce à une collaboration avec l’UMR MARBEC de Montpellier qui dispose des accès à une plateforme expérimentale (EXAAQT) munie
d’aquariums ainsi qu’en milieu naturel, à l’étang de Canet-Saint-Nazaire.

En situation contrôlée, 4 aquariums ont accueilli des densités décroissantes de crabes obtenues par dilutions successives de l’eau d’un premier aquarium contenant deux crabes provenant de Banyuls (coll Roland Mivière, SMBVR). Au total 12 (3 réplicas x4) échantillons d’ADNe ont été filtrés dans les aquariums. L’expérience a permis d’identifier une concentration minimale d’ADN (10-5 ng/µl) en dessous de laquelle nous ne détectons plus de crabe bleu. Une autre expérience est en cours pour déterminer la présence ou non d’une relation entre la densité de crabes et la concentration en ADN.

4 bacs de 220 L / 1 bac témoin vide / 3 bacs avec individus : 2 crabes au départ puis dilution à 50% des bacs Crédit : E. Delrieu Trottin, EPHE-PSL

En milieu naturel, le barcode fonctionnel a été testé sur 3 sites associés à des densités de crabe bleu déduites des données de pêche (forte densité : Canet Sud ; densité plus faible : Canet Nord ; faible densité : port de Pérols). Trois réplicas ont été réalisés pour chaque densité observée sur le terrain. Ces analyses préliminaires n’ont pas montré de relation entre les densités en crabe bleu estimées par les pêcheurs professionnels et la concentration en ADNe.

Le protocole d’échantillonnage finalement utilisé pour prélever nos échantillons vise à filtrer en parallèle 30 litres d’eau le long d’un transect d’1 km, à partir de 2 pompes placées sur chaque bord d’une embarcation motorisée.

Légende : Crédit : E. Delrieu Trottin, EPHE-PSL

Mise en place en coopération avec les gestionnaires d’un test du barcode en conditions réelles (lagunes, graus) sur le littoral d’Occitanie

Dans le cadre de cette dernière phase du projet de mai à novembre 2023, l’objectif est de tester l’utilisation du barcode sur plusieurs zones cibles lagunaires et deux graus pour couvrir l’Occitanie. Deux stagiaires vont travailler sur ce projet et participer à l’échantillonnage ou l’analyse des données (Mathieu Bianic, en Master 1 et Lisa Hidoine stagiaire Supagro Montpellier).

La campagne de terrain prévoit que 60 échantillons soient répartis sur une trentaine de sites (2 réplicas par site) s’étendant de l’étang de Canet à l’embouchure du Petit Rhône. Les prélèvements seront réalisés sur 17 lagunes, 2 secteurs de Grau en mer et 2 en proximité d’embouchure de cours d’eau :
- Pyrénées-Orientales : étang de Canet et son grau côté mer, étang de Salses-Leucate
- Aude : Etang de La Palme, étang de Bages Sigean, étang de l’Ayrolle, étang de Gruissan, étang du Grazel, étang de Vendres
- Hérault : Grau d’Agde (dans la partie aval de l’Hérault), Etang de Thau, Etang d’Ingril, Etang de Vic, Etang de Pierre-Blanche, Etang du Méjean, Etang de l’Or et Grau du Prévost (côté mer)
- Gard : étangs de Salonique, du Médard et du Ponant
- Bouche du Rhône : embouchure du Petit Rhône.

La carte des sites (mai 2023)

Une réunion de concertation s’est tenue en février 2023 entre l’équipe projet, la DREAL, le Pôle-relais lagunes, et les structures de gestion des lagunes et des aires marines protégées. Les sites tests ont ainsi été ciblés par les divers interlocuteurs pour choisir des zones de transects :

- où il était possible de naviguer (profondeur adéquate, respect des zones réglementées vis-à-vis des enjeux oiseaux)
- en regard des connexions hydrauliques entre lagunes et mer qui servent de lieu de passage possible pour le Crabe bleu.

L’équipe projet et la DREAL remercient les gestionnaires des milieux lagunaires et côtiers pour leur implication dans le projet au travers de cette préparation du test sur le terrain.

Les résultats des différentes études en cours feront l’objet d’échanges réciproques sur les moyens mis en œuvre, les procédés et les techniques utilisés ou à approfondir, ainsi que sur l’avancement des travaux. L’ensemble de la communauté scientifique et des partenaires (EPHE-CEFE, IRD-UMR Marbec, UMR Borea-Muséum National d’histoire naturelle, Office de l’Environnement de la Corse, DREAL Occitanie, DREAL Corse) travaille en parfaite collaboration afin de trouver des solutions efficaces dans la lutte contre l’invasion du crabe bleu.

Contacts 

• Laetitia Cornil, Chargée de mission Milieu marin et côtier Montpellier, DREAL Occitanie
• Stéphanie Manel, Directrice d’études, EPHE- PSL
• Claude Miaud, Directeur d’études, EPHE- PSL
• Erwan Delrieu-Trottin, Maître de Conférences, EPHE-PSL